A XVII. század elején jön létre Japánban a szerencsejátékosok és az utcai árusok egyesüléséből, hozzájuk 1945-ben bejönnek a bűnözők. Az 1950-es években még csak 70 ezer yakuzát tartottak számon, de 5 év alatt ez a két és félszeresére nőtt, ezek ráadásul csak a nyilvántartott tagok száma. Jelenlegi becslések szerint cirka 300 ezer yakuza ténykedik 2600 szövetkezetbe tömörülve (meglepő módon a yakuzák nyíltan felvállalják, hogy kik, ezért bő nyilvántartás készül róluk). Ellentétben a nyugati típusú bűnszövetkezetekkel a yakuza képes és meri megfenyegetni a nagyvállalatokat is, nem érdekelve, hogy ott könyvelés folyik, nehezebb a védelmi pénzt kitermelni, illetve hogyha megsemmisítenek egy-egy gyárat, azzal véget is vethetnek a vállalatnak, több száz vagy ezer munkanélkülit eresztve az utcákra.
Létrejötte és gyarapodás
A yakuzák szicíliai mintára egy-egy család köré tömörültek, vérségi kapcsolat állt fent, ami idővel elhalványult és már idegen embereket is bevettek. Mint ahogy az olasz maffiáknál, úgy itt is megtalálható egy központi apafigura, aki igazgatja a szövetkezetet, ahol a "fiai" teljesen alávetik akaratukat az "apának, hiszen csak így működőképes a szervezet, egyvalaki irányít, a többi ezt követi. A yakuza tagok nemegyszer versengenek a vezér kegyeiért (jobb pozíció, jobb feladat, több megbecsülés), hiszen egy nap talán ők maguk lehetnek az új vezetők. A yakuzák köré kiépült egy kultusz, hiszen évszázadokon át szembeszálltak a kormánnyal, idealizált lázadóvá téve őket a lakosság szemében.
A 20. század beköszöntével a kormány maga is többször alkalmazta a véreskezű yakuzákat, ha a megerősödő baloldalt kellett megregulázni. A már nagy múlttal rendelkező bűnszervezet pedig megtette amit kellett, ugyan a módszereik és pénzszerzési módszerük változott de még mindig (és ma is) erős a fegyelem és a tekintélyen alapuló tisztelet. Az egykori díszes népviseletet és szamurájkardot mára felváltották a fekete öltönyök, a lőfegyverek és a napszemüvegek. Testüket tetoválásokkal díszítik (akár a teljes testet is), illetve megfigyelhető, hogy egyeseknek az egyik ujján hiányzik egy ujjperc.
1995-ben megkezdődik a yakuza klánok (amik lebomlanak yakuza családokra) felszámolása a kormány részéről kevesebb, mint több sikerrel. A yakuza addigra már áthágta az ország határait és nemzetközi szinten űzi az ipart. Ellentétben több szervezett bűnszövetkezettel, a yakuza nem próbál meg mindenhol sejteket kiépíteni, sokkal inkább szövetségre lép az adott hely bűnbandáival.
Felszámolás
A 2190-es években létrejön a United Japanese Corporations. A megacég és a kormány nem kerül nyílt háborúba egymással, mert a cég teljesen felszámolja a drogkereskedelmet és a yakuzákat. A tehetetlen rendőrség fellélegezhet, ráadásul a börtönök sem telnek meg, a cég ugyanis bír egy magánsereggel, ami hatékonyan oldja meg a tisztogatást: a célszemélyeket egyszerűen csak lelövik. A cirka 500 éves bűnszervezet megszűnik létezni.