1993 júliusában készült el az Alien könyvtrilógia befejezéseként. Az írók Steve Perry és S.D. Perry. A könyv, mint a trilógia eddigi részei egy képregény alapján készült, de miután az Alien 3 filmet kiadták, kénytelenek voltak a képregényt a filmhez igazítani (így lett Newt helyett Billie, Hicks helyett meg Wilks), a Ripley Háborúja nagy eltéréseket mutat a képregényhez képest, hiszen a képregény azt mutatta be Ripley mit művelt az Aliens film eseményei után. A könyvnek van egy képregény folytatása, ami lezárja a könyvtrilógiát.
Történet
Két hete, hogy Davey Arthur Wilks és Billie a Gateway állomásra érkeztek és van összebarátkoztak Ripley-vel. A nő is csak egy hónapja van itt, ráadásul amnéziában szenved, utolsó emléke, hogy Newt, Bishop és Hicks társaságában a USS Sulaco álom kapszulájába feküdt, majd sötétség, egészen 6 héttel ezelőttig.
Billie és Ripley éppen az étkezőben eszik, mikor Ripley megkérdezi a barátját, hogy ő szokott-e álmodni az alienek anyakirálynőjéről. Anno ő érezte a lényt, szinte betudta volna határolni, de ez az amnézia előtt volt. A legendás nőnek van egy terve, amit szeretne elmondani Wilksnek is. Billie elmegy az állomás legnagyobb kommunikációs termébe, egy technikus hagyja, hogy a Földről jött adásokat nézze. A nő még mindig Amy megpróbáltatásait nézi, mert annyira hasonlítanak az övére, szinte a lányaként kezeli őt. A Négy Vitorla nevű, az állomás legrosszabb hírű bárjában találkozik a három barát. Ripley szentül hiszi, hogy az anyakirálynő az álmodóknak valami üzenetet közöl, ezt talán sikerülne valamire felhasználni, kezdésként jó lenne megtudni, hogy ezen az állomáson hány ilyen álmodó van. Wilks feladata, hogy körbekérdezzen és másnap reggel 09:00-ra a B-2-es konferenciateremben elmondja mire jutott.
Az ex őrmester barátnője, Leslie Elliot éppen adatrögzítő, aki izgatottan dob össze egy adatfájlt a megfelelő emberekről. Az elmúlt 1 hét pszichológiai eseteit nézve, összesen 39 álmodót lehet azonosítani, de ennél többen lehetnek, hiszen ez csak 7 nap eredménye, sokan meg nem is mennek orvoshoz az álmaik miatt. Wilks bár nem túl okos elme, de azért ő is tudja, hogy Ripley mit akar: az anyakirálynő szólítja "gyermekeit", de azok nem tudnak az űrben utazni. Ha sikerülne a jelek alapján behatárolni a lényt és elhozni a Földre, akkor minden alien hozzá rohan. Ezután pár atomtöltet simán kifüstöli a lényeket és a Föld talán megmenekül. A nő a férfival tart, hogy újra felkeressék Lesliet újabb nevek ügyében, míg Billie feladata a mostani adatok alapján katonai hátterű álmodókat találnia. Leslie 6 olyan egyént talál, akiket érdemes lenne felkeresni, az álmaik révén talán sikerül az ismert csillagtérképek segítségével behatárolni a bolygót. Később Billie felkeresi Ripleyt a szobájában, sikerült 18 katonai hátterű embert találnia, ebből 9 fő még harci kiképzést is kapott.
Wilks elmegy beszélni barátjával, Kegan Bako őrmesterrel, hogy hol is tudna hajót szerezni egy feltételezett fegyverhez, ami megtisztítaná a Földet. Az altiszt szerint ehhez Peters vagy Davison tábornokhoz kell menni, jól kifejteni az egészet, kitölteni a papírokat és legénységet toborozni, de kevés esélyt látni a sikerre, hiszen az elmúlt 4 hónapban 3 mentőakció indult a Földre. Egyik siralmasabb lett, mint a másik, a Gateway pedig nem tudja pótolni az elvesztett felszerelést, főleg a hajókat nem. Ezalatt Billie felkeresi Charlene Adcoxot, míg Ripley John Chint, akik képesek behatárolni a bolygót. Ripley ledől aludni, álmában Amanda születése után van, de sikoltva ébred fel, mert megérintette őt egy férfi, méghozzá Bishop. Ellen nem érti, hogy a szintetikus mit keresett álmában, nem is sejtve, hogy sokkal inkább Bishop tervezőjéről van szó. A fejfájás ellenére a nő elégedett, hiszen csak sikerült behatárolni azt a naprendszert, ahol az anyakirálynő lehet. A vihar előtti csend során Wilks felkeresi egy üveg piával Lesliet és megköszöni a segítséget, a találka szeretkezésbe megy át, ezalatt Billie a Földről jött adásokat böngészi, de nem lel rá Amyra, annál inkább Carter Dane fanatikus adására, ahol az őrült "pap" feláldoz egy embert, majd a rongyos, szintén fanatikus idegen imádó emberek elkezdik felfalni a belsőségeket. Ennyi maradt az emberiségből, egy barbár csürhe, ami behódolt a lényeknek, Billie nem is bírja gyomorral és okádni kezd.
Megkezdődik a legénység toborzása, hiszen minél többen vannak, annál nagyobb az esélye, hogy kapnak egy hajót. Így sikerül bevonni Ana Motot, Keith Dunstont, Eric D. McQuadet, Dylan Brewstert, Carveyt és Jon Jonest. Falk és Adcox nem akar csatlakozni, előbbi csak pénz ellenében jönne, Wilks és Ripley éppen fontolóra venne másokat is, mikor Billie sietve szól (a kommunikációs teremben van), hogy most azonnal váltsanak a 10-V katonai csatornára. Az adás egy földre vert kamerából jön egy APC belsejéből, felismerik Hornoff nevét, egy álmodóét, akivel holnap akartak volna beszélgetni. Wilks gyorsan kapcsol: Bako beszélt arról, hogy készül egy mentőexpedíció a Földre, szóval ezt láthatják, de valami hiba történhetett, mert ezt az adást nem szabadna senkinek se látnia. A katonák élő adásban pusztulnak el a xenok által, majd a képernyő változik és egy ideges katonai technikus kér elnézést, amiért egy hiba folytán egy 5 hetes mentőkísérletet adtak le. Ripley, Wilks és Billie tudják, hogy erről szó sincs, valaki hibázott és élő adásba került a mostani mentőexpedíció, de a hozzátartozókon kívül úgy se fogja tudni senki az igazat, csak az a kérdés, hogy ez az esemény miféle kihatással lesz a hajó rekvirálására.
Egy biztos, az adást látta Adcox és Falk is, akik ennek hatására jönnek segíteni. Adcox még az este folyamán hívja fel Billiet (a látottak eszébe juttatták a borzalmakat és bosszút akar állni), míg Falk reggel keresi fel Ripleyt (ő pedig gyászolja az immár halott feleségét, aki hivatalosan "hajó balesetben" halt meg). Wilks hiába beszél Peters tábornokkal, a férfi tipikus szűk látókörű katona, aki nem is akar foglalkozni a bajkeverő Wilkssel, főleg nem adna engedélyt egy ilyen ostoba misszióra.
Wilks a Négy Vitorlában találkozik a két nővel és elmondja a rossz hírt. Ellen eleve "B" tervnek vette a legális utat, a két társa felvidul, úgy tűnik ismét bűnt kell elkövetniük, de már hozzászoktak. Másnap lemegy majd egy eligazítás, utána majd ellopnak egy hajót és a misszióhoz szükséges felszerelést. Dunston dojojában gyűlnek össze, a felállás nem is rossz, Dunston, Brewster, Carvey, Moto, Jones, Adcox, McQuade, Falk és Maria Tully majdnem mind katonák, többségük már harcolt is az idegenekkel. 08:00-kor Ripley megtartja a beszédjét, jelzi, hogy aki akar, még most kiléphet, mert ez egy nem hivatalos küldetés lesz, ahol hajót fognak ellopni, ami miatt bizonyára akkor is felelni fognak, ha sikerrel járnak.
A következő napokban végbemegy a felkészülés, felszerelés, élelmiszer lopása, illetve a megfelelő hajó kiválasztása. Erre a USS Kurtz lesz kiválasztva, hiszen a hajót veszélyes vegyi anyagok szállítására tervezték, falai elég vastagok, hogy az anyakirálynő ne tudja áttörni. 10 évnyi élelem, 20 főnyi hely és egy APC van benne. Leslie megszerzi a szükséges kódokat, így egyrészt egy fegyverraktárból elég lőfegyvert és muníciót szereznek be, másrészt a Kurtz kulcsa mondhatni a kezükben van.
Egy reggeli napon indulnak el, összesen három zsilipkaput kell feltörniük, őrökkel nem kellene számítaniuk az adatok szerint. McQuade százados mivel pilótaengedéllyel bír, így a hangmintája bent van a rendszerben, elég lesz majd bemondania a Leslie által megszerzett kódot, hogy kinyíljon a Kurtz zsilipkapuja. A csapat két részre van szakadva: Wilks, Ripley, Falk, Dunston és Tully halad elől, ők nyitják fel a kapukat (pontosabban csak Maria a kódtörőjével), a többiek csak ezután fognak majd jönni. Az őrmester éppen kommunikátoron adta le a jelet Brewsternek, hogy jöhetnek, mikor is egy biztonsági észleli a férfit. Wilks megjátssza, hogy csak eltévedt, az őr pedig kiigazítja, majd lelép. Egy akadály elhárult, de rögtön jön a másik, Tully éppen felnyitná a következő zsilipet, mikor a kapu mögül egy munkás tűnik fel. Dunston gyorsan a munkás szemébe mereszti ujjait, majd egy kaszáló mozdulattal elgáncsolja. Az őrmester ráveti magát a munkásra, hogy betapassza a száját, de felesleges, a férfi úgy beütötte a fejét, hogy elájult. Viszont akad egy baj: a reggelizni készülő ember nem lehetett egyedül, mert az egyik asztalon két tálca van.
Ezalatt Billiék is megérkeznek és elkezdik maguk mögött lezárni a zsilipet (Carvey összehegeszti). Tully megkezdi a Kurtz ajtajának felnyitását, mikor is a lezárt zsilip mögül dörömbölés szűrődik be, megjött a második munkás. Wilks pár szót mormogva kiadja magát a leütött munkásnak és hibára hivatkozva nyer időt. Ezalatt Maria hiába üti be a kódot, ahogy McQuade is hiába adja a hangmintáját, a hajó nem nyílik fel. Wilks meglátja a leütött munkás készletében a konduktort, amivel fellehetne nyitni a gépet, Tully tesz egy próbát és valóban: Peters csupán paranoiás volt, így ez is kellett a kód mellé.
Ripley és McQuade azonnal a pilótakabinba mennek és megkezdik a felszállást. Dunn hadnagy jelentkezik be a Kirkland fedélzetéről és hívja a Kurtzot. Eric százados betáplálja Peters tábornok kódját és egy fiktív akcióra hivatkozva kér engedélyt a startra. A hadnagy ellenőrizné ezt, mert ő nem tud semmiféle akcióról, de McQuade beléfolytja a szót: naná, hogy nem szóltak egy senki kis hadnagynak, de tessék, meglehet kérdezni a tábornokot, csak akkor ne csodálkozzon, ha majd lebaszást kap ezért. Dunn kis hallgatás után megadja az engedélyt, a Kurtz elindul missziójára.
Három nappal a bolygóra való érkezés előtt mindenki felébred. A rémálmok még Wilkset is gyötörték, kivéve Ripleyt. Az ebédlőben a csipkelődés után betér Ripley és megkér mindenkit, hogy majd az éjjel mindenki koncentráljon, hogy pontosabban betudják határolni az anyakirálynőt. Másnap reggel Wilks és Ripley kivételével mindenki alaposan lehangolva ébred, de legalább sikerül még több adatot megtudni és majd ezt összevetni a bolygó letapogatásával. Ellen és McQuade elmegy szétszedni a két rakodógépet, hogy négy exoskeletont hozzanak létre. A százados itt kérdez rá, hogy mégis hogyan tervezi a következő lépéseket. Ripleyt meglepi, hogy a katona még nem hallott Orona bombáiról, egy rakat atomtöltet ott vár a Földön, ha ezeket sikerülne időzíteni, akkor nyert ügyük van, mert az anyakirálynő minden kölykét magához hívja, pontosan a robbanási zónába. Ripley ezután maga is elgondolkodik, hogy ő honnan tud Orona atomtölteteiről, de nem tudja felidézni, ami különös. Közben megérkezik Billie, Brewster, Adcox és Carvey szétszedni a második gépet.
Tully és Wilks elemezik a bolygó adatait, majd leszűkítik a helyet, hogy hol is lehet az anyakirálynő. Másnap megindul az akció, de elővigyázatosságból egyelőre csak felderíteni mennek le az APC-vel. Moto ugyan javasolja, hogy robotokat küldjenek le, de a Kurtzon csak gyatra minőségűek vannak és nagyobb eséllyel vallanak kudarcot, mint sikerrel. Ripley önkénteseket kér a felderítéshez, Jones (mivel orvos), Brewster és McQuade (pilóták) illetve Tully (mert a gépek zsenije) mindenképp a Kurtzon kell, hogy maradjon (Tully megkönnyebbül, míg Brewster nem örül annak, hogy kimarad). Billie és Ana is maradni kényszerül, ők majd egy esetleges második csapatba kerülnek, de Billie kiharcolja, hogy ő is menjen most. McQuade ezután elmagyarázza hogyan működik a négy exopáncél, majd Ripley tart előadást Orona bombáiról (megkönnyebbül, hogy Moto és Wilks is hallott már róla, vagyis nem csak beképzelte magának).
Brewster a kijelölt helyre teszi le a gépet, amiből a Wilks vezette APC gördül ki. A tájat egy méter mély víz öleli körül, csupán különös növények és szervesnek kinéző dombok vannak itt, semmi más. A Kurtz felszáll, immár a felderítők magukra maradtak. 5 kisebb domb vesz körül egy nagyobbat, ami 30 méter magas, vagyis az lehet a fészek, ahol az anyakirálynő lakozik. Billie nem érti minek mennek arra, hiszen a felderítő misszió arról szól, hogy távolról nézik meg mi van itt. De Wilks kiigazítja: nincs semmi, ahonnan nézelődhetnének, másrészt azért mennek a gubók felé, mert akkor megtudják mi történik. Az egyik gömbtől 100 m-re áll meg az APC, meglepő módon semmi se történik, Billie se lát mozgást a detektoron. Falk úgy véli ideje kimászni és megnézni mit is találtak, Carvey és Dunston követik (Ripley engedélyével) az exopáncélokban. A bűzös, forró levegő mindenkit letaglóz, a gömb felé haladva a szag erősödik.
Carvey már megérintené a levedző, szerves valamit, mikor Billie beleordít a kommunikátorba: valami mozgolódni kezdet az objektumból. A gigantikus tojásból egy palatine, az anyakirálynő testőre tör elő, aminek mérete vetekszik egy királynőével. Villámgyorsan elfogja Carveyt a fejvédőnél, magához húzza és karmával átmetszi a torkát, majd letépi az egyik karját. Olyan hamar történt mindez, hogy a többiek még célra se tudták tartani a fegyvert. Falk tüzet nyit, őt követi Dunston, az impulzus gépkarabélyok pedig átütik a palatine testét, megölve a gigászt, ami hiába nagy, de ugyanolyan sebezhető, mint a normál idegenek.
Ripley már éppen az APC fegyverzetét irányította célra, mikor a detektor több mozgást észlel, a többi gubó is kiengedte tartalmát. Wilks a két férfi felé száguld, de a jármű egyszer elakad, ezalatt az egyik palatine ráugrik Dunstonra. A férfi megőrzi lélekjelenlétét és fegyverével a lény testére céloz, de a fegyver nem sül el. Az exo villáskulcs karjával eltolja magától a palatine fejét, de túl későn, szekunder nyelv átüti Dunston sisakját és koponyáját. Falk átkozódva lövi szitává az idegent, majd rohan az APC felé, nyomában egy újabb lénnyel. Ripley nem tudja kilőni, mert ha a fedélzeti fegyver hatókörén belül van, ha lő, akkor magukat is kicsinálja. Billie üzen a Kurtznak, hogy azonnal mentsék őket ki, de a térségben vihar van, így az APC-nek az eredeti landoló zónához kell mennie. Ezalatt a másik két palatine is feltűnik és immár hárman kezdik ütni a járművet, aminek hűtőrendszere elszáll, a vezérlőmű tönkremegy és a reaktor is sérült.
Ripley magára ölti az utolsó vértet, felkapja Falk fegyverét és tartalék tárait. Nem azért jött ide, hogy elszalassza az anyakirálynőt, ő kimegy, utasítja Wilkset, hogy a fedélzeti fegyverrel kaszálja le a dögöket (már nem számít a bekapott sav), majd hajtson a kivonási ponthoz. Az ellenkezések nem hatnak, a nő azonnal kiszáll, amint az uránium magvas löveg kilövi a három testőrt. Az APC elindul, de hirtelen egy idegen tűnik fel, ami átüti a frontpáncélt, karmos kezével Billie felé nyúlva. Az őrmester túl későn nyúl a saját fegyveréhez, de Adcox még időben feltűnt és ő maga végez a lénnyel. Csodával határos módon a sav senkire se hullik, a műszereket se veri szét, Billie pedig egy karcolással megússza (amit a fémlemezek okoztak).
Ripley eléri a legnagyobb gubót. A gravitáció miatt nehézkesen mozog, de így is lekaszálja a két irányból felé törő testőröket. Ezt követően ütni kezdi a gigászi tojást, miközben tudni akarja, hogy miért kellett meghalnia a Nostromo és Sulaco legénységének és miért vette el a lányát, ideje szemtől szembe lerendezni ezt. A nő jelez a Kurtznak, de Brewster elmondja, hogy a vihar miatt nem mehetnek oda. Ellen nem akar kifogást hallani, ő most akarja azt a nyavalyás hajót, eközben az anyakirálynő előjön és 8 méteres testével az ember felé tornyosul. A többiek helyzete se jobb, az APC pár perc múlva darabokra robban, ezért gyalog kell tovább menniük. A közelben egy kész idegen sereg tart feléjük, engedelmeskedve úrnőjük hívó szavára. Az emberek csak abban bízhatnak, hogy nem fogják őket észrevenni, de biztos ami biztos alapon annyi lőszert vesznek magukhoz, amennyit csak lehet.
Ellen folyamatosan hátrál az anyakirálynő elől, amíg meg nem érkezik a Kurtz. Az úrnő végignézi, ahogy a nő felhúzza magát a lenyitott rámpán, túlságosan kíváncsi mi is ez a szerkezet, majd hamar megtanulja gyűlölni a lőfegyvert is, ami széttrancsírozza az egyik gömböt, a fészke részét. A bestia gyilkos dühvel mászik maga is fel a rámpán, Ripley malmára hajtva a vizet. Amint elégé bent van, Brewster lezárja a zsilipet, a xeno csapdába esett. farkával még falhoz vágja a nőt, aki körül kezd elsötétülni a világ, miközben hallja, hogy a királynő elkezdi kaparni a zsilipet. A többi ember ezalatt kört alkotva figyeli, ahogy az alienek százai rohannak el mellettük. Esélytelen, hogy élve elhagyják a bolygót, ha nem az áradat, akkor majd a felrobbanó jármű öli meg őket. Ripley magához tér, az anyakirálynő farka véletlenül rácsapott a lábára, a fájdalom pedig magához térítette a nőt. Csendben az APC-t tartalmazó dokk zsilipkapujához mászik, mialatt a lény szüntelenül döngeti a falat. Ellen kinyitja a kaput, de a zaj odacsalja az úrnőt, ami rohanni, kezd, de túl későn ér oda, Ripley átjutott, Moto pedig nekilát a kapu lehegesztéséhez. McQuade örül a sikernek, de sajnálattal közli, hogy a többieknek vége. A nő azt hiszi, hogy meghaltak, de nem ez a helyzet: a vihar erősödik, az APC mindjárt robban és a xenok túl sokan vannak, értelmetlen lenne a landolás. Ripley felrohan a pilótafülkéhez, ahol ráveszi Brewstert, hogy azonnal menjen a többiekért, máskülönben ő fogja átvenni az irányítást.
A négy ember már a lőszere végén jár, a xenomorf sereg pedig nem csökken. A lények hirtelen az ég felé kezdenek bámulni, a Kurtz megérkezett. Alienek tucatjai lesznek a vízbe préselve, a hajó egy zsilipje felnyílik, Moto és Ripley fedező tüzet ad a többieknek, akik az immár mellkasig érő vízben vergődnek a rámpa felé. Egy idegen ráugrik Adcoxra és leszorítja az arcát a mocskos vízbe, majd felemeli és átmetszi a nő torkát, majdnem teljesen levágva a fejét. Ripley és Moto kilövik a dögöt, de ez már nem segít a halott nőnek, aki az expedíció utolsó áldozata. A Kurtz instant elrepül, amint mindenki felszállt, még éppen időben, rövidesen a hajó megrázkódik, ahogy az APC okozta robbanás utoléri. A küldetés sikeres, az anyakirálynő begyűjtve, Billie Wilks mellkasára borul és sírni kezd, hiszen embereket vesztettek el, köztük a barátját, Adcoxot.
A csapat nem fekszik azonnal a kryóba, kell némi idő, hogy megemésszék mit tettek és hogy feldolgozzák a többiek halálát. Billie annyit sírt, hogy már nem tud többet, Wilks párszor felkeresi, de nem tud neki segíteni, Brewster pedig egyszer, de ő csak Carveyről beszél és hogy neki kellett volna helyette mennie. Ripley az éjszakát az anyakirálynő közelében tölti, hamarosan beteljesedhet a bosszúja és kiirthatja a dögöket a Földön. Mikor elindul enni valamit, a látása egy időre zavarossá válik, a feje fájni kezd, majd azt veszi észre, hogy a gravitációval biztos valami gond van. A riasztó felé megy, a világ elsötétedik előtte, de még tudott jelezni. Ana talál rá és viszi az orvosi terembe. Az emberek mind az ebédlőben gyűlnek össze, aggódnak a vezérükért, akit valós időben csupán napok óta ismernek, de mind szeretik. Wilks leül Billie mellé és elkezdi vigasztalni, valamennyire sikerül enyhíteni a lány szenvedését, hiszen nem ő tehet Char haláláról. A hangszóró jó hírt közöl: Ripleynek semmi baja, hamarosan távozhat. Ellen magához tér, kell némi idő, mire helyre zökkennek a gondolatai és emlékei. Jones szerint kimerült és a feje anno bizonyára sérülést szenvedhetett. Persze azért majd a Gateway állomáson jobb, ha kivizsgáltatja magát, ő ugyanis nem ért a fajtájához. Az orvos megjegyzi, hogy azért szólhatott volna a kis titkáról, elvégre ha mondjuk vérátömlesztés kellett volna, akkor gondba kerül volna. Ripley, aki minél előbb akart elhúzni innen (hiszen irtózik az orvosoktól) dühbe gurul, hogy ne tréfálkozzanak már vele. Jones meglepődik és elkezd bocsánatot kérni, ő nem tudta, hogy Ripley eddig nem is sejtette, hogy micsoda is. A nő dühe elpárolog, ezek szerint nem valami rossz tréfáról van szó, ő nem az igazi Ripley, csupán egy istenverte szintetikus!
Az este folyamán Wilks ajtót nyit Ripleynek. A nőn látszik, hogy nagyon megviselte valami és azonnal lemond a parancsnokságról (bár hivatalosan nincs főnök, ám a csapat őt tartotta annak), átadja az őrmesternek, vagy bárki másnak. A férfi tudni akarja mi ez az egész, mi történt az orvosi szobában. Ripley mindent elmond: ő egy android, így megbízhatatlan, mert még ő maga se tudhatja, hogy önállóan, vagy egy program hatására fogta be az anyakirálynőt, mi van, ha egy másik program szerint minden szemtanúnak pusztulnia kell, vagy át kell adnia a királynőt egy cégnek? Wilks nem gondolja, hogy eme veszély fennállna, ugyanis éppen Ripley mentette őket ki a bajból, ha nem kellenek szemtanúk, akkor ott is hagyhatta volna őket, illetve ugyan kinek kellene egy anyakirálynő pont most?
Ellen távozik, nem gondolta meg magát. Wilks felkeresi Billiet, hiszen ő "jártas" a témában, elvégre Mitchell Bueller is szintetikus volt, a lány első szerelme. Ripley nem nyit ajtót, így nem történik meg a beszélgetés, Billie nem fekszik le azonnal, elgondolkodik, hogy mi teszi az embert emberré és hogy egyes szintetikusok bár gépek, de jobbak, mint az emberek zöme, például Mitch, vagy Ripley, ezért érthetetlen, hogy miért is él a feszengés az androidokkal szemben. Ellen teljesen maga alatt van, Ash óta nem bízik az androidokban, bár azért Bishop más volt, erre kiderül, hogy az ő élete egy nagy hazugság, ő csak egy olcsó másolat, aki szintén megbízhatatlan. Bár legalább most már tudja miért nincsenek emlékei a USS Sulaco utánról, miért rettegett az orvosoktól (akik rájöhettek volna a titkára) és miért nem álmodik már. Billie ismét próbálna beszélni vele, de Ellen nem nyit ajtót, magányra vágyik, a többiek nyugodtan feküdjenek csak be a kryo kapszulákba.
Wilks csodásan ébred, mintha feloldozást nyert volna, elindul az APC volt dokkjába és késztetést érez, hogy kinyissa a következő zsilipkaput, ám megáll, mert érzi a kapu mögötti erőt, ami kényszeríti, hogy szabadítsa ki. Az őrmester falnak dől és sírni kezd. Billie ugyanezt a rémálmot kapja, ám a fal mögül Mitch, majd Adcox és végül Ripley hangja szólal meg, akik kérlelik, hogy nyissa ki (különböző történeteket adva elő). A valóságban persze mindenki alszik már, egyedül a szintetikus Ripley van ébren, aki gépkarabéllyal a kezében őrködik az anyakirálynő ajtaja előtt. Az első napot evéssel és alvással töltötte, most a második napja, hogy mindenki lefagyasztotta magát. Gondolt már rá, hogy egyszerűen öngyilkos lesz, kilövi magát a zsilipajtón, elvégre nélküle is jól működik a csapat. Az anyakirálynő felrikolt, a nő pedig rémülten rohan oda abban a hiszemben, hogy elszabadult, de erről szó sincs. Azóta is a kapunál őrködik és új célt talált az életében: addig nem akar meghalni, amíg nem látja a fődögöt és a gyermekeit megsülni.
Ébredés után Wilks utasít mindenkit, hogy maradjanak a szobában, senki se menjen sehova (Ripley nem hallgat rá, meg is mondja, hogy ő nem képes álmodni). Az ebédlőben mindenki bevallja, hogy álmodott az anyakirálynőről, ami ki akart szabadulni, de senki se tett ennek eleget. A következő téma maga Ripley, aki elvonult a saját szobájába. Billie elmondja a legénység többi tagjának, hogy a főnök valójában micsoda is. Tully, Falk és McQuade ellenszenvessé válik, hiszen egy gépet követtek. Billie letorkolja őket, hogy nélküle eddig se jutottak volna, sőt, Ripley maga se tudta, hogy egy android, most azzal ártanának a legtöbbet, ha bizalmatlanok lesznek vele szemben. Falk és Tully bocsánatot kér, de McQuade tovább forrong. Abban mindenesetre konszenzus vagy, hogy Ellen jó parancsnok és továbbra is ő kell, mert hamarosan elérik a Gateway állomást, ami a következő akadály lesz.
Tully titkosított adást küld át az állomásra (amitől biztonságos távra vannak, nehogy letapogassák őket a szenzorok), amire Leslie válaszol. A nő örül, hogy sikerült az akció és gyászolja az elesetteket. Az állomáson Peters tábornok seggét nem hivatalosan szétrúgták, a komplett csapat ellen pedig körözés van, mivel őrülteknek hiszik őket, ezért nem börtönbe, "csak" a diliházba fognak majd kerülni. A Gateway másfél hónap múlva várja az érkezésüket, mert a kutatás során megtalálták a csillagtérképet, amin bejelölt bolygó volt, ám a valóságban nem mentek el olyan messzire, szóval most senki se számít arra, hogy itt vannak. A Földön pedig valami történik, az elmúlt időszakban abszolút semmit se tudtak meg, valami miatt a bolygó árnyékolva van, a szatellitekre fellőtt adásokat néha fognak, de azok mind régiek, bár mostanra már bizonyára mindenki halott odalent (Billie azért elkéri az elmúlt napok adásait).
Wilks szeretné, ha Ripley visszatérne, mert most kellene az ő zsenije. Egy kis időre ugyan, de az állomás fegyverrendszerének hatótávján kell repülniük, ha elakarnak jutni Orona bombáihoz (az USA északnyugati részén), ugyan nem fogják őket kilőni, mert bizonyára a Kurtzot épségben akarják visszaszerezni, de sok módja van annak hogyan fogjanak el egy űrhajót. Ezalatt Billie az orvosi teremben nézi Amyék utolsó adását, eszerint az alienek pár hete elkezdtek furán viselkedni, az ég felé tekintenek és bámulják a semmit. A nő örül, ezek szerint még élnek, sőt, Orona komplexumánál bizonyára lesz egy jármű, amit elköthet és személyesen mentheti meg a családot!
McQuade és Wilks átszól a Gateway állomásra, hogy jelezzék: nem fognak semmi olyat tenni, ami veszélybe sodorná az űrállomást, az anyakirálynőt sikeresen befogták és most a Földre mennek. Stone őrnagy lassan, tagoltan, de tekintélyparancsolóan (mintha gyerekekkel, vagy őrültekkel beszélne) adja a tudomásukra, hogy haladéktalanul nyissák meg a kontroll modemüket és hagyják, hogy bevontassák őket a Gatewayre. Ennyit a békés módszerről, mivel a csapat nem akar az állomásra menni, így Stone is bekeményít, így vagy úgy, de foglyok lesznek, ezt tehetik civilizált módon, vagy a kiküldött elfogógép által.
A Kurtz fegyvertelen és pajzsa sincs, a kiküldött Adams egy óra múlva eléri őket. Tully szerint egy EMP-vel fogják a Kurtzot lebénítani, majd utána bevontatják őket, talán a Gatewayen kimagyarázhatják magukat és majd a hivatalos katonák fejezik be a küldetést, talán. A legénység le van törve, a nagy küldetés kudarcot vallott, feleslegesen haltak meg mások, ám Billie ötlettel áll elő. Ha az Adams EMP-t fog kilőni, mi lenne, ha már előtte lekapcsolnának mindent, így a lövés nem iktat ki semmit? Hsu parancsnok jelentkezik be az Adamsről, kedvesen kéri McQuade-et, hogy működjenek együtt, ám a százados direkt eljátssza az őrült fanatikust, aki hiszi, hogy halhatatlanok és legyőzhetetlenek. A várt EMP lövés megérkezik, de a kommunikáción és világításon kívül már így is lekapcsoltak mindent. Jól érezhetően vontatósugárba kerülnek, pont ahogy Billie is számolt ezzel. McQuade maxra járatja a hajtóművet és nekiütközik az Adamsnak, tönkretéve annak meghajtását (így nem tudja őket üldözőbe venni, új hajót pedig már nem tudnak kiküldeni, hiszen addigra a Kurtz már a Földön lesz). Moto és Tully a gépházban parancsra lekapcsolják ismét az összes rendszert, így egy újabb EMP találat nem iktathatja őket ki, de az Adams nem lő, majd ki is kerülnek a lőtávjából, miközben a vontatósugár is elpattan. Billienek köszönhetően a csapat a Földre mehet bevégezni a küldetést.
Billie felkeresi Ripleyt, a nő ezúttal ajtót nyit. Sikerült Ellent felverni a letargiából, hiszen lehet, hogy ő egy android, de ő az eredeti Ripley énjével bír, ő indította ezt az akciót, nem hagyhatja magára most a csapatot. De ha sajnálkozni akar, akkor tegye, de ha emiatt a misszió felsül, akkor valóban sajnálkozhat az egészen.
Az őrmester azon agyal most hogy lesz tovább, ha leszállnak, az idegenek hada fogja őket széttépni, az anyakirálynőt is necces lesz leküldeni a felszínre, a parancsnok pedig továbbra is kerüli a legénységét. Ekkor tűnik fel Ripley, aki szeretne visszatérni, Wilks örül ennek, ahogy a rövidesen feltűnő többi ember is. Ellen nem okoz csalódást: Orona bombái egy hegynél vannak, az anyakirálynőt egy izolált helyen dobják ki, az alienek pedig a terep miatt (hegyvidék és víz) lassabbak lesznek, mire elérik a bunkert, addigra ő már összeköti az atomtölteteket (a programja része). Billie mindenképpen megakarja próbálni kimenteni Amyéket, 1-2 órára élhetnek innen, Ellen nem ígér semmit, nem tudják mi fogadj majd őket, de ha van rá esély, akkor megpróbálhatják.
A Kurtz átrepül az USA felett, így a legénység elé tárul a kamerák felvételei: kihalt romvárosok, egy esetben alien imádó 4 fő, akik egy ötödik embert vonszolnak feláldozni. Később pedig egy seregnyi alien, amik követik az űrhajó útját, érzik az úrnő hívását. Tully megrémül, ekkora áradattal szemben nem lesz esélyük. Ripley megnyugtatja, miszerint mire ezek elérik őket, ők már végeznek a bombákkal, addig is, menjen tanulmányozni Észak-Kalifornia és Oregon topográfiai térképeit (elvonva Tully gondolatait a valóságról), Jones pedig a nővel tart az orvosi terembe. Ellen maga mellé veszi Motót átnézni miféle szerszámok vannak a hajón, amiknek hasznát vehetik. A százados elmegy ellenőrizni Brewstert a pilótafülkében, Billiék pedig a fegyvereket nézik át, egyenlőre mindenki dolgozik, nem gondolva a jövőre.
Tully talál egy megfelelő helyet, ahol kitehetik az úrnőt, ami szüntelenül dühöng és csapkodja a falakat. Ha minden jól megy, a mély völgyben a lény elkezd valami barlangot keresni és elbújni, nem üldözve a hajót. A fekete hordának pedig egyenlőre semmi nyoma az erdős, hegyes terepen, ami megint jó jel. A megfelelő helynél kitennék a királynőt, de a zsilip nem nyílik fel, az úrnő saját maga torlaszolja el, nem is tudva erről. Ripley lerohan a lezárt ajtóhoz és csavarkulccsal elkezdi verni, miközben Wilks is követi. A lény a zaj felé megy, ezzel felszabadítva a külső zsilipet. Ellen ismét megcsinálta, a gyors gondolkodása megoldotta ezt a problémát.
A Kurtz reggel éri el a hegy túloldalát. Tisztának tűnik, de jobb az óvatosság, mert a kaput berobbantották. Ripley eligazítja a csapatot: Tully marad a monitoroknál, figyelni nem-e jön valami, Jones a rámpánál figyeli a táját, hátha lát valamit, ami elkerülte a nő figyelmét, a többiek pedig szépen átfésülik a helyet, Moto lesz a támadóék csúcsa. Billie örül, mert meglát egy terepjárót és két cirkálót, ugyan nem pilóta, de azért valamennyit eltanult a vezetésről, illetve az egyik standard katonai cucc, ami elég faék egyszerű. Az átvizsgálás gyorsan lemegy, a helyet már jó ideje nem használják, ugyan harcra utaló nyomok (vérfoltok és sav marta lyukak) vannak, de azok régiek. Ripley behatol elvégezni a bombák összekapcsolását az irányítóteremben, őt követi Tully és Moto (a felszerelést tartalmazó fémdobozokat viszik), ám elégé rossz a helyzet, az egységek között nincs összeköttetés és a fontosabb kábelek is szétmentek. Nagyjából sötétedésre (6 óra múlva) végezhetnek, de az még rengeteg idő.
Amerikai kiadás.
Billie elhatározza magát, hogy megmenti Amyt. Mcquade századosnak azt kamuzza, hogy kimegy élelmet vinni a többieknek, a komplexum bejáratát védő Falknak valóban ad pár ételcsomagot (a Kurtz fedélzetén a lány még magához vett pár tárat), majd elindul "nézelődni" a barakkok felé, nem kell aggódni, hisz van fegyvere és Jones és McQuade is figyeli őket. A százados szúrja ki, hogy a lány az egyik hajóhoz ment, erősödik a gyanú, hogy nem nézelődik és nem is szerszámokat keres. Ripley dühösen adja ki a parancsot, miszerint azonnal menjen vissza a Kurtzra. Az első sikló totálkáros, de a második működik és valóban pofonegyszerű vezérelni. Wilks inkább félve, mint haragosan szól a kommunikátoron át, hogy ne menjen, ő elkíséri, csak várja meg. De ez a küldetés nem várhat és úgy is Billie személyes ügye.
Nincs mit tenni, Billie után nem mehetnek, Ripley, Tully és Moto folytatják a kábelek összekötését, miközben Wilks kimegy Falk mellé, hiszen McQuade jeleket fogott, 5-6 fő közeledik a komplexum és hajó felé. Egy rongyos, rettegő nő tűnik fel, aki hálálkodik, hogy végre megjöttek a megmentők. Falk rájuk szól, hogy jöjjenek elő, így három ember tűnik fel a bokrok közül, ami gyanús, de a szenzorok nem észlelnek több mozgást. A csapat tudja jól, hogy ezek egyaránt lehetnek túlélők, de akár őrült alien imádók is. Falk óvatosan kimegy átvizsgálni a társaságot, ügyelve, hogyha lövészek lennének a bokorban, akkor azok előbb a 4 embert kaszálják le, talán ennyire azért nem dilisek. Wilks már éppen menne Falk után, mikor a társaság a földre veti magát és lövések dördülnek el. Wilks fedezékből viszonozza a tüzet, Falk nem mozdul, talán halott, a százados pedig fülrepesztően ordítja, hogy két fő lapul a növényzetben. A kultisták a Mindenható Anyához imádkoznak, az elsőként feltűnt nő pedig ráordít a lövészekre, hogy élve ejtsék el az embereket, hiszen kellenek az áldozatok.
Az őrmester a csend közepette meghallja a két fegyveres beszélgetését, az ágak reccsenését, így oda ad le egy sorozatot. Az orvlövészek halálával a fegyvertelenek megindulnak, egyikük Falkra veti magát (aki gyorsan a hátára gurul és a fegyvere tusával szétkeni a támadója fejét), a maradék három Wilks felé rohan, akiknek testét a gépkarabély tépi szét (az utolsó férfi olyan közel került, hogy a vére ráfröccsen az őrmesterre). Wilks ellenőrzi a lövészeket, az egyiket torkon találta, de a másik él, még ha gyomorsebe halálos is. A magánál lévő nő megáll a kúszásban és nehézkesen mondja a férfinak, hogy meg fog majd dögölni. Az ex tengerészgyalogos nyugodtan közli vele, hogy ő ezt bizony tudja, majd egy lövés kíséretében véget vet a fanatikus életének. Falk jól van, egy skuló súrolta a bal vállát, egy másik meg átfúrta a bicepszét, de nem komoly, Jones ellátja a sebeket. Tully és Ripley közben haladnak a huzalozással és programozással, ha minden jól megy, hamarosan végeznek és beállíthatják az időzítőt, ami fél év múlva robbantja az atomtölteteket. Ennyi idő elég kell legyen, hogy az anyakirálynő mindenhonnan maga mellé hívja gyermekeit.
Billie gépe landol egy Észak-Karolinai Endotech Micro gyárkomplexumnál, az utolsó adásban Amyék ezt a koordinátát adták meg. A lány behatol az éjsötét folyosókba, csupán egy fényrúd van nála, ami minimális világosságot ad. Billie kezd elbizonytalanodni, nem tudja merre menjen, sötét is van és bármi lehet a sötétségben. Már visszafordulna, nehogy eltévedjen, mikor egy ajtó koppanását hallja, csakis egy ember lehet itt. Eldobja a fényrudat és rátapos, nehogy elárulja a helyzetét, de késő, elölről kezek érnek az arcához. Billie megrémül és lőni kezd, a torkolattűz alatt meglát egy férfit, aki félelmében négykézlábra veti magát és hátrálni kezd, miközben kéri, hogy hagyja abba a tüzelést. Az ismeretlen alak sírni kezd, ő csak a kislányát akarta megkeresni. Billie rájön, hogy kivel van dolga, ő Amy apja. Utasítja a férfit, hogy hátráljon ki a fényre, de óvatosan, így végre megpillanthatja az adások egyik szereplőjét, Amy apját. A férfi örül annak, hogy mégis nézték őket és megjött a segítség, de sajnos két napja az őrültek rájuk támadtak, elvitték a kislányt és megölték Mordecait. Próbált utánuk menni, de a keleti fészek alienek által őrzött, egészen eddig, mert valamiért a legtöbb szörny elment. A hajó hangja csalogatta őt is elő és teljesen segítőkész abban, hogy elvezesse Billiet a földalatti folyosókon át a fészekig.
Ripley már a feladat végén jár, mikor látja, hogy egy helyen rosszul végezte el a huzalozást, vagyis kezdheti onnan elölről. Emiatt két órát veszít. Muszáj jól csinálnia, máskülönben a különböző bombák nem robbannának fel. Sietnie kell, mert az idegenek zaja már hallatszódig a kommunikátorban, akár percek múlva is beronthatnak, de lehet, hogy csak sötétedéskor. Nem mintha Ripleyt érdekelné, ő akkor is itt maradna befejezni a munkát, ha erre rámenne is az élete.
Amy apja elvezeti Billiet a fészekig. Két háztömbnyire a hajótól, egy földalatti részen vannak (a férfi rongyokból fáklyát kreál). Bűz és forróság várja őket, a falakon is az idegenek megkeményedett váladéka van. Az egyik ajtó mögött rejlik a fészek és vélhetően Amy. Az ajtó kivágódik és egy xeno jelenik meg, amit Billie lekaszál, csakúgy mint a második és harmadik lényt is. Bejutva vérengzést visz végbe, folyamatos tüzeléssel ritkítja a hátramaradt lényeket, ám az egyik a hátába kerül. A xeno keze belemar a lány vállába, de Billie gyorsan reagál, közvetlen közelről átlövi a bestia gyomrát, a savas vér és belsőségek pedig az idegen hátán röppennek ki. Az elterülő xenomorf még végigkarcolja Billie overallját, vért fakasztva (minimális sav pedig a lábára kerül). Ez volt az utolsó őr, a teremben még tucatnyi tojás (a többség üres) van és a fészekfalba ágyazott emberi testek. Amy apja egy testhez fordul, aminek vöröses haja van, Billie majdnem felsikít a felismeréstől, de szerencsére nem Amy az, hanem egy Kiválasztott. A fejjel lefele lévő férfi kinyögi, hogy a többi Kiválasztott elvitte a lányt ajándéknak az istennőnek, pontosan a szentföldre. Amy apja sír, hiszen a lánya örökre elveszett, bizonyára már halott, de Billie tudja hová vitték: Orona komplexumához. A gépkarabélyt célra tartja és szétlövi a kultista fejét.
A bunkernél már alkonyodik, az idegenek zaja óriási, rengetegen lehetnek kint. Ripley végre elkészül, ő, Moto és Wilks elkezdenek a Kurtz felé menni, mikor az erdőből egy magányos alien rohan feléjük. A három karabély egyszerre ugat fel és tépi szét a dögöt, de mintha ez jel lett volna, több tucat bestia tűnik fel. Falk a rámpáról ad biztosítást, miközben Ripley hátvédként fedezi a többieket. Nagyon szorosra sikeredik a művelet, az emberek ugyan feljutnak a gépre, de egy alien már olyan közel került, hogy megfogta az őrmester csövét (amit persze követett egy lövés, ami letépi a lény fejét). A küldetés sikeres, de Billie elkésett, ha vissza is térne, nem tud hova leszállni, mert a helyet immár ellepték az idegenek, a Kurtz üzemanyaga pedig fogytán van, nem várhatnak sokáig.
Billie gépe visszatér, de csak néhány halott xeno testét látja, a Kurtz sehol. A lány szemébe könnyek szöknek, ezek szerint ennyi volt, Amy áldozat lesz és ők is megfognak itt halni. Az öreg nyugtatja, hogy ők mindent megpróbáltak, de ezt kapták. Brewster hangja csendül fel, a Kurtz nem hagyta még el a bolygót (az alienek közben továbbhaladtak az anyakirálynő felé).
Ripley hallani se akar arról, hogy elmenjenek a 10 km-re lévő Kiválasztott hajóra, ahol immár ezrével vannak az idegenek, ha Amy talán él is, képtelenség lesz élve kihozni. De Billiet nem érdekli, ő és az öreg készek odamenni és megpróbálni. Ripleyben felébred egy másik érzés, eddig csak a bosszú hajtotta, de régen ő is az életét kockáztatta egy kislányért, akit nem is ismert. Amy apja helyett ő megy, hiszen a férfi látása nem éppen a régi, kint a sötétben pedig minden előnyre szükségük lesz. Wilks nem érti mi ütött a két nőbe, hiszen a halálukba mennek és még azt se engedik, hogy legalább ő is elkísérje őket. Ez az ügy Billie és Ripley küldetése, Amy az ő lányuk, ez nőkre tartozik.
A két nő nem szól egymáshoz az út során, félnek és tudják, hogy talán eleve a semmiért öletik meg magukat. A sikló az őrültek gépe közelében lesz letéve, pontosan több tízezer alien között. A támadó lények nem haboznak támadni, de a gépkarabélyok szüntelen lövése szó szerint hullafalat emel, ami némileg segít, hiszen lelassítja a többi lényt. A másik hajóra feljutva (azonnal lezárják a zsilipet) Ripley kilő egy settenkedő bestiát, majd megindul a termek átfésülése. Billie felsikolt: a Kiválasztottak és foglyok teste egy halomba lett dobva, úgy 20 ember lehet ott, egyesek csak darabokban. Kétségbeesetten kezd keresgélni a tetemek közt, hogy legalább Amy testét meglelje. Így is lesz, Billie felsír, erre Amy szemei felnyílnak: ő az egyetlen túlélő. Az alienek bejutottak a hajóba, elözönlik a folyosót, Ripley csak lő és lő (karjára sav is fröccsen, de nem érdekli), a tár üresen kattan, egy lény pedig megfogja őt. Billie kilövi a xenomorfot és segít kipucolni a helyet. Csodával határos módon sikerül a siklóig visszaverekedniük magukat, miközben Amy sírva követi őket.
Ripley felszállna a hajóval, de olyan sok alien mászott rá, hogy a súly túl soknak bizonyul. A gép visszazuhan, ráadásul a bestiák elkezdik feltépni a burkolatot. Az egyikük feje befér a keletkezett lyukon, Billie habozás nélkül nő, ignorálva Ellen tiltását. A lövés széttépi az idegen fejét, a sav pedig berobbantja a kifolyt üzemanyagot. A hely infernóvá változik, a gép hidraulikája tönkrement, az ajtó nem nyílik, vagyis itt égnek bent, Ripley robbanólövedékkel kirobbantja az ajtót és megindulnak a másik hajóra. A tűz visszatartja az áradat javát, miközben néhol felgyulladt testek rohangálnak, amíg össze nem esnek. Ripley ellöki a pilótafülkében lévő, feltépett torkú hullát és hálát ad, amiért a gép működik. Ekkor hallja meg Amy sikítását és Billie lövését. Egy égő lény karcolja fel a karjait és felsőtestét, mielőtt meghalna az acélmagvas lőszerektől.
A Coleman névre hallgató gép felszáll, de nem messze a Kurtz-től lezuhan. Túlélik a becsapódást, Billie megöleli Amyt és közli, hogy a papája küldte őket, hogy megmentsék. A csapat többi része felveszi a lányokat, Jones megvizsgálja Amyt és nem talál embriót benne, Ripley biceg és komolyabb sérülést szenvedett, csakúgy mint Billie, aki még jó adag füstöt is beszívott, de majd helyrejönnek. Amy és a papája órákig beszélgetnek az ágyban fekvő Billie mellett. Ripley őket nézve felfedez egy eltűntnek hitt érzést: az önbecsülést, többé nem irtózik magától. Átveszi Tullytól a kontrollpanelt és beírja a 4 betűs aktiváló kódot. Ugyan bármi megtenné, de Ellen szimbolikusan akarja lezárni az emberiség eme időszakát, az ÉLET nevű kóddal elindítja a visszaszámlálást, fél év és a bombák robbannak, a Föld pedig tiszta lappal kezdhet.